Kunjungan Yahya Cholil Staquf ke Yerusalem menuai kecaman dan kemarahan dari kalangan pembela Palestina. Meski menyatakan lawatan itu tidak mewakili posisinya sebagai anggota Dewan Pertimbangan Presiden, ataupun Nadhlatul Ulama dimana dia menjadi Sekjen. Sejumlah kalangan menyayangkan lawatan Yahya yang terjadi di saat Israel melibas demonstran Palestina di Jalur Gaza. Lebih dari 120 demonstran Palestina tewas dan 3.700 lainnya luka-luka.

Dalam pidatonya yang diterima CNNIndonesia.com, Yahya Staquf menyatakan misinya, selain atas nama pribadi sebagai warga muslim, tapi juga menyerukan kepada Israel dan Palestina untuk menghentikan konflik.